Orbitrap高分辨質譜儀可區(qū)分相同質量數的不同離子。乙烯，氮氣和一氧化碳離子的質量數同為28，但質量虧損導致三者的準確質量有細微差異。儀器分辨率達到2300（半高峰寬）時，可以區(qū)分出乙烯，但氮氣和一氧化碳仍然不能區(qū)分；而當采用更高的分辨率5000時，即可區(qū)分三者。
目前廣泛使用的用于蛋白質鑒定的質譜分析主要使用兩種類型質譜：一種是MALDI－TOF直接對分子量進行測量；另一種是使用ESI－MS高分辨率質譜分析電噴霧得到的多電荷信號，然后對信號進行去卷積分析，獲得準確分子量數值。
普通質譜和高分辨質譜的區(qū)別，直觀一點可以說是：能夠將測得離子質量數，準確到小數點后兩位和后六位的區(qū)別。高分辨質譜能夠將分子量相差很小的兩種物質進行區(qū)分，從而準確推斷分子元素。厲害的高分辨質譜甚至可以取代部分元素分析。
這兩種方法各有其優(yōu)點及適用的領域。同時配備了這兩種質譜分析系統(tǒng)，可用于各類蛋白質樣品分子量測定，滿足包括肽指紋圖譜分析及蛋白質鑒定在內的多種蛋白質分子量分析需求。
進入質譜之前的反相色譜分離過程中連接了紫外檢測器，在實現對樣品分離的同時，還會對樣品的純度進行評估；色譜分離的過程也降低了在準確分子量檢測過程中對樣品純度的要求。
Orbitrap高分辨質譜利用軟件對質譜原始數據進行分析時，可以根據TIC（總離子流圖）分別對樣品中的主要成分和次要成分的分子量進行選擇和分析。然后對上述原始數據進行去卷積處理，得到該蛋白樣品中主要成分的準確分子質量。
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