短程分子蒸餾適用于分子蒸餾，使分子流從加熱表面直接通向冷凝器表面是不容易的。一般情況下，液相擴散速率是決定分子蒸餾速度的主要因素，因此，應減小液層厚度，增加液層流動。
隨著溫度的升高，短程分子蒸餾蒸發(fā)率增大，但分離系數有時隨溫度的升高而減小。所以，在熱穩(wěn)定性基礎上，應選擇經濟合理的蒸餾溫度。水蒸氣分子在蒸發(fā)到凝結表面時會互相碰撞，并且可以與停留在兩邊的空氣分子相碰撞。
因為蒸發(fā)分子遠比空氣分子重，而且他們的大多數運動方向都是一樣的，所以它們自身的碰撞對飛行方向和蒸發(fā)率影響很小。剩余分子在兩面均為混沌運動，故殘留分子數是影響蒸發(fā)方向和蒸發(fā)速度的主要因素。
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